En Bolivia existen varios problemas ambientales de los cuales minería es uno de los más importantes debido a los efectos negativos que se producen por los diferentes impactos directos e indirectos asociados a este tipo de actividades y otros ocasionados por los pasivos ambientales generados.

Dentro de los principales problemas ambientales ocasionados por las actividades mineras se tienen: contaminación de aguas y suelos debido a la generación de aguas ácidas, a los desmontes y a las descargas de colas las mismas que pueden contener una serie de compuestos químicos utilizados en los diferentes procesos metalúrgicos. Existe también contaminación atmosférica debido por efecto del uso de explosivos y maquinaria. A estos impactos se asocia la destrucción del paisaje, la deforestación, pérdida de biodiversidad, la generación de desechos líquidos y sólidos sin control en los diferentes asentamientos y campamentos mineros lo cual incide en la baja calidad de vida .

Dentro de las actividades de la pequeña minería las condiciones ambientales son aún más alarmantes puesto que por las características propias con las que se desarrollan estas actividades no se toman en cuenta los aspectos ambientales, tanto por un desconocimiento de los mismos como por una falta de planificación y a un asesoramiento técnico adecuado. Estas actividades son realizadas tanto por hombres como por mujeres y niños.

Dentro de esta problemática MEDMIN ha concentrado varios de sus esfuerzos en la pequeña minería del oro debido al uso indiscriminado del mercurio que es un metal pesado altamente contaminante. El mercurio es utilizado en las diferentes fases de la recuperación del oro y su manipulación se la hace sin ningún tipo de cuidado. La separación del oro de la amalgama se la realiza de forma habitual mediante la quema directa de la misma, práctica que no solamente contamina al medio ambiento sino también la salud humana. Para esto MEDMIN ha diseñado, y ejecutado una serie de medidas ambientales, con las cuales se logra evitar el uso de mercurio en flujo abierto y para eliminar la quema de amalgama al aire libre se ha introducido y difundido la retorta con la cual se recupera el mercurio para su reutilización lo cual además de tener efectos positivos ambientales y para la salud, significa un ahorro para el minero.

Descarga de colas de una planta de flotación al río en Potosí contaminan con unas 1.000 toneladas de desechos sólidos diariamente la cuenca del río Pilcomayo