La Corte Suprema posterior a la Reconstrucción concedió también el peso de su aprobación a las leyes sobre la segregación. En el caso Plessy vs. Ferguson (1896), la Corte respaldó la autoridad de los estados para requerir la segregación racial en vagones de ferrocarril y otras instalaciones públicas y privadas, siempre que a los segregados se les acomodara en otro sitio “igual”. La conclusión de la mayoría fue que las leyes de segregación afectaban a blancos y negros por igual y no infligían un estigma de inferioridad a ninguna de las razas. Los estados podían resolver también, con apego a la razón, que esas leyes eran necesarias para fomentar la paz y el orden público.

Sólo estuvo en desacuerdo el magistrado John Marshall Harlan, quien había sido dueño de esclavos en Kentucky. Harlan se burló de la idea que compartía la mayoría, según la cual las leyes de segregación daban el mismo trato a los miembros de la raza blanca dominante y a los ex esclavos, y dijo que a su juicio, bajo las enmiendas de la Reconstrucción, “nuestra Constitución es daltónica y ni conoce ni tolera [divisiones de] clases entre los ciudadanos. En lo que toca a los derechos civiles, todos los ciudadanos son iguales ante la ley”. La complicidad de la Corte al permitir que los estados mantengan a los afroestadounidenses en situación de casi esclavitud, auguró Harlan, “será al cabo del tiempo tan perniciosa como la resolución de este tribunal en el Caso Dred Scott”.

La doctrina de “separados pero iguales”, tomada del caso Plessy, persistió como el debido procedimiento legal y sólo las formas más flagrantes de discriminación racial fueron objeto de alguna condena ocasional en los tribunales. Sin embargo, en las décadas de 1930 y 1940, la Corte Suprema empezó a contemplar con una mirada más crítica las leyes de segregación y otras formas conexas de discriminación racial. La célebre opinión de Fiske Stone ante la Corte, acerca de la nota cuatro al pie de página dirigida al magistrado Harlan en el caso United States vs. Carolene Products Co. (1938), incluyó entre las leyes que podían ser sometidas a estricta revisión judicial “el prejuicio contra minorías definidas y aisladas”. A pesar de que la Corte adujo la necesidad militar para mantener las sanciones de la Segunda Guerra Mundial contra los estadounidenses de origen japonés, el magistrado Hugo L. Black recalcó ante la mayoría que “todas las restricciones jurídicas que coartan los derechos civiles de un solo grupo racial son sospechosas de inmediato”. En sus veredictos más significativos de esa época, la Corte empezó a suprimir la segregación en la educación de postgrado y profesional. En el caso Sweatt vs. Painter (1950) no sólo concluyó que una escuela estatal de derecho creada en fecha reciente para los negros era inferior a la escuela de derecho de la Universidad de Texas exclusiva para los blancos, sino resolvió también que al determinar si las escuelas segregadas eran iguales a las otras, los tribunales debían tomar en cuenta factores intangibles, además de los tangibles: “esas cualidades [como el prestigio de la institución] que no es posible medir de modo objetivo, pero que constituyen la grandeza de una escuela de derecho”.

Impulsados por el rigor de la interpretación de la Corte en este caso, acerca de la doctrina “separados pero iguales”, Thurgood Marshall, quien era a la sazón el abogado de la Asociación Nacional para el Progreso de la Gente de Color (NAACP), y otros defensores de los derechos civiles decidieron que había llegado el momento de impugnar la doctrina misma, sobre todo el supuesto de que las instalaciones segregadas podían ser iguales a las otras. Al cabo de un largo litigio, la Corte Suprema aceptó esta posición el 17 de mayo de 1954.

Según la opinión unánime del tribunal en el caso Brown vs. Junta de Educación y otros conexos, el presidente de la Corte Suprema Earl Warren concluyó que la asistencia a las escuelas segregadas por orden judicial creaba en los niños de la minoría un sentimiento de inferioridad que afectaba adversamente su capacidad de aprender. Así pues, la educación en esas escuelas nunca sería igual que en las otras, ni cumpliría con los requisitos de la garantía de “igual protección” de la 14ª Enmienda. En un segundo fallo unánime pronunciado al año siguiente, en el caso Brown II, Warren, el presidente de la Corte Suprema, dio instrucciones a las cortes menores y a las juntas escolares para que procedieran a implementar la integración en las escuelas públicas con “deliberada celeridad”.

Antes que el presidente Warren de la Corte Suprema se retirara, en 1969, ese tribunal y las cortes menores ya habían impugnado también la segregación en otras esferas de la vida nacional, e incluso una ley del estado de Virginia que prohibía el matrimonio entre personas de distinta raza. Bajo las presidencias de Warren Burger (1969-86) y William H. Rehnquist (1986-2005), la Corte Suprema ha aprobado amplias facultades remediadoras para los jueces en demandas de integración en escuelas, incluso la orden judicial de que los estudiantes viajaran juntos en los autobuses para asegurar la integración de las escuelas en barrios racialmente segregados, y la imposición de cuotas raciales en la composición del estudiantado y el personal administrativo. Sin embargo, los magistrados han hecho una clara distinción entre la segregación de jure (oficial) y la segregación de facto (que sólo es resultado de patrones de vivienda segregada), y sostienen que a esta última no la prohíbe la Constitución. Por mayoría de votos, se ha ordenado que las cortes de justicia levanten los decretos de integración en cuanto se logre un grado sustancial de cumplimiento en la conversión de un sistema escolar de dos razas en un sistema unitario. Por último, la Corte ha dispuesto que la aplicación de la garantía de “igual protección” de la 14ª Enmienda se limite a las políticas que tienen una intención discriminatoria y no sólo un impacto racialmente desigual.

Al igual que el sistema de tribunales de los EE.UU. fue a la vanguardia  muchas formas para el logro de la igualdad racial, la Casa Blanca y el Congreso han creado también notables salvaguardias contra ese tipo de discriminación. A raíz del rechazo nacional a los choques violentos de la policía contra los defensores de los derechos civiles que participaban en las marchas de Birmingham, Alabama, el gobierno de Kennedy propuso una legislación de amplio alcance sobre derechos civiles, que el presidente Lyndon B. Johnson impulsó a través del Congreso después del asesinato del presidente Kennedy en 1963. Legislada bajo la autoridad del Congreso para regular el comercio interestatal y ejecutar las disposiciones de la 14ª Enmienda, la Ley de Derechos Civiles de 1964 prohibió la discriminación racial y otras formas conexas de discriminación en el alojamiento público, el empleo y los programas financiados con fondos federales. La aplicación de la última disposición fue más eficaz que cualquier orden judicial para acelerar el proceso de integración de las escuelas públicas. A raíz de la violencia registrada contra los que marcharon a favor de los derechos humanos en Alabama, el Congreso legisló la Ley de Derechos de los Votantes de 1965, proscribiendo los exámenes de analfabetismo y otros que se aplicaban a los votantes en los estados con antecedentes de discriminación en el registro de electores, y se exigió que esos estados obtuvieran la “autorización previa” de funcionarios federales para promulgar nuevas leyes electorales. El estatuto de 1965 dio lugar a un enorme aumento en el registro de votantes afro- estadounidenses en los estados del Sur y la disminución correspondiente del uso de exhortaciones racistas en la arena política. Más aún, por medio de la Ley de la Vivienda Justa de 1968, el Congreso dispuso que se suprimiera la discriminación en la mayoría de las transacciones sobre vivienda.