Bajo Burger y Rehnquist, la Corte se ha enfrentado también a un asunto de discriminación que la Corte de Warren no estuvo obligada a confrontar, es decir, el contencioso debate sobre “la acción afirmativa”. En su afán de remediar los efectos de los prejuicios del pasado contra minorías raciales y mujeres, en el empleo y en la educación superior, varias agencias del gobierno y universidades han creado desde los años 60 una serie de programas que dan diversos grados de preferencia a las minorías y a las mujeres en las decisiones sobre admisiones, empleos y oportunidades de progreso. Los partidarios de esos programas han dicho que no son más que medidas temporales para garantizar un trato justo a los miembros de grupos que han estado sometidos a discriminación intencional a lo largo de la historia, y hacer más expedita la creación de una sociedad realmente integrada. Los partidarios de la acción afirmativa subrayaron, además, que cuando los varones blancos, las supuestas víctimas de esos programas, se quejaron de una “discriminación inversa”, este grupo tan bien establecido difícilmente se podía comparar con el de los afro-estadounidenses y con otros que por largo tiempo han estado sometidos a maltrato a causa de su raza o color y que, por lo tanto, hoy son merecedores de protección judicial especial. Además de argumentar que los programas de acción afirmativa eran una “discriminación inversa” anticonstitucional, los críticos adujeron que dicha acción era contraria al concepto de la Constitución “daltónica”, transgredía el principio del progreso basado en los méritos, agravaba las pugnas raciales y, tal vez, generaba sentimientos de inferioridad en las personas a las que pretendía ayudar.

La reacción de la Corte Suprema a las demandas judiciales que impugnan los programas de acción informativa ha sido ambigua. En su primer caso importante, Miembros de la Junta Directiva de la Universidad de California vs. Bakke (1978), la Corte se encontró con un sistema de cuotas en el que 16 de las 100 plazas de primer año estaban reservadas para solicitantes miembros de minorías, en una escuela estatal de medicina. El magistrado Lewis Powell, quien expresó la opinión principal en el proceso, tuvo un papel en verdad crucial en el fallo de la Corte. Hablando en su nombre y el de otros cuatro magistrados, Powell rechazó la cuota impugnada. Según la conclusión del magistrado, todas las clasificaciones raciales estarían sujetas a un estricto escrutinio judicial, no importa cuál sea la raza afectada; y ningún interés convincente podía justificar una política de admisiones basada sólo en la raza. No obstante, Powell y un grupo de otros cuatro magistrados sostuvieron también que el interés de un estado por asegurarse una población estudiantil diversa era un motivo lo bastante convincente para justificar que la raza sea tomada en cuenta, junto con otros factores, en las decisiones sobre la admisión de estudiantes.

En el caso Trabajadores siderúrgicos vs. Weber, juzgado al año siguiente, la Corte Suprema apoyó por mayoría la decisión conjunta de una compañía y su sindicato de trabajadores, por la cual concederían el 50 por ciento de ciertas plazas a miembros de minorías, hasta que el porcentaje de éstas entre los trabajadores se aproximara a la proporción que corresponde a las mismas en la fuerza de trabajo de la región. Brian Weber, el trabajador blanco que impugnó la cuota de la compañía, alegó en primer lugar que ésta violaba las disposiciones de la Ley de Derechos Civiles de 1964 contra la discriminación en el empleo. A pesar de todo, la Corte concluyó por mayoría que la intención de la legislación no era impedir la decisión voluntaria de una compañía que opta por aplicar una cuota racial a fin de corregir los efectos de la discriminación en el empleo ejercida en el pasado, en una región determinada.

La oposición reciente de la Corte a la acción afirmativa se ha extendido también al proceso de elección. En el caso Shaw vs. Hunt (1996) y en otros veredictos, la Corte permitió que los votantes blancos impugnaran a los distritos del Congreso conocidos como de mayoría-minoría, a partir de los cuales se elige a los miembros de la Cámara de Representantes de los Estados Unidos. Bajo la presión del Departamento de Justicia, después del censo nacional de 1990, varios estados habían creado distritos en los que los estadounidenses de origen africano o hispano eran la mayoría de los electores; en esos distritos, los candidatos de minorías tenían más probabilidades de ser elegidos al Congreso. En cierto modo, la Corte ha favorecido a esos distritos especiales al afirmar la constitucionalidad de las enmiendas hechas en 1982 a la Ley de Derechos de los Votantes de 1965. Según esas enmiendas, las leyes electorales son inválidas no sólo cuando tienen un propósito discriminatorio, sino también cuando su efecto consiste en debilitar la posibilidad de que los votantes pertenecientes a minorías elijan a los candidatos de su preferencia. Sin embargo, por escasa mayoría, la Corte Suprema ha concluido también que los distritos de mayoría-minoría son inconstitucionales si el fin para el cual se establecen es la meta eminentemente racial de asegurar la elección de candidatos de una minoría.